Vojna je v roku takmer nevyhnutná Stellaris . Akokoľvek ste sa ocitli vo vojne, konečným cieľom vášho impéria je nielen prežiť, ale aj prosperovať v galaxii. Aby Impérium mohlo začať vojnu, potrebuje Casus Belli - dôvod na vyhlásenie vojny. Každý Casus Belli poskytuje prístup k inému typu Wargoal. Po vyhlásení vojny má brániace sa impérium jeden rok v hre, aby si vybral svojich bojovníkov. Títo bojovníci môžu ovplyvniť, aké je pravdepodobné, že sa protistrana vzdá vašim podmienkam alebo aspoň súhlasí s prímerím.
Boj v Stellarise sa odohráva v reálnom čase, a hoci môže hráč riadiť flotilu smerom k nepriateľom alebo od nich, už nemá nad nimi nijakú kontrolu, keď zasiahnu nepriateľa. Ak kliknete na bitku v bitke proti nepriateľom, v ponuke sa zobrazí správa o priebehu bitky v reálnom čase. Ako bitka pokračuje, čiastková obrazovka správy zobrazuje rozdelenie efektívnosti používaných zbraňových systémov a to, aké veľké škody utrpeli štíty, brnenie a trupy. Analýza týchto údajov pomáha určiť, či sú súčasné návrhy vašej lode účinné proti vášmu protivníkovi. Vaše skoré zásnuby môžu byť efektívnym spôsobom určenia silných stránok nepriateľa, ktorým musíte čeliť, a ich slabostí, aby ste ich mohli zneužiť.
Všetky lode flotily v boji majú možnosť spustiť núdzový ústup uprostred bitky. Jedná sa o náhly únik pomocou FTL motora vybaveného každou loďou, či už je to Hyperdrive alebo Jump Drive, ktorý umožňuje flotile uniknúť zničeniu. Poradie sa zadáva stlačením tlačidla Retreat na podobrazovke boja a ústup je možné spustiť aj z hĺbky systému. Keď je v únikovom postoji, flotila automaticky ustúpi, keď bude táto možnosť k dispozícii. Flotily umelej inteligencie na neutrálnom alebo nepriateľskom území vždy ustúpia, ak bude zničená polovica flotily.
Každá flotila je na obrazovke zobrazená s číslom sily, ktoré predstavuje silu tejto flotily meranú kombinovanou útočnou silou jej lodí. Admirál môže veliť flotilám, ktoré verbujete, a poskytnúť ich silám dodatočnú silu, najmä s užitočnou vlastnosťou. Mať veľkú námornú kapacitu znamená, že budete môcť stavať veľké množstvo vojnových lodí a veľká kapacita flotily určuje, koľko lodí môžete do každej flotily zahrnúť.
To, aké druhy lodí sa rozhodnete postaviť, môže byť v boji tiež nesmierne rozhodujúce. Napríklad korvety a torpédoborce sú malé a nie sú osobitne hrozbou, ale stovky z nich môžu ohromiť nepriateľa prostredníctvom veľkého počtu. Ak si ceníte kvalitu pred kvantitou, krížniky, bitevné lode a titáni môžu nepriateľa potrestať a potrestať mnohými trestami, ale jeho dokončenie si vyžaduje značný čas a zdroje. Ideálna flotila by mala mať veľké množstvo korviet, ktoré by uhnali nepriateľa a dostali sa bližšie, zatiaľ čo bitevné lode a titáni zaisťujú paľbu z diaľky.
Ak vaša flotila získala ťažko vybojované víťazstvo, ale v dôsledku toho utrpela škody, je najlepšie vrátiť sa do najbližšej lodenice a vykonať opravy. Inak by novo prichádzajúca flotila mohla ľahko zničiť tú vašu. Užitočným riešením je preskúmať a vybaviť svoje flotily technológiou Regenerative Hull Tissue, ktorá postupne opraví váš trup a pancier.
Na karte Uživatelské rozhranie ediktov môže niekoľko ediktov o strategických zdrojoch ponúknuť vašim lodiam užitočnú výhodu v boji, napríklad Exotic Gases for Shield Boost, ktorý môže zvýšiť silu štítu všetkých vašich lodí o 25%. Všetky tieto vyhlášky vyžadujú, aby ste mali zásobu rôznych strategických zdrojov a vydržali iba zhruba 10 rokov, ale mohli dať vašim flotilám trochu energie navyše. K dispozícii je tiež karta Policies UI, v závislosti od toho, v ktorej vojne sa ocitnete. Keď dokončíte strom Supremacy Tradition, odomknete politiku War Doctrine, ktorá určuje celkovú strategickú vojenskú doktrínu, ktorou sa vaše flotily budú riadiť. Tieto možnosti zahŕňajú obranu v hĺbke, zásah a spustenie, rýchle nasadenie a zákaz ústupu.
Ak flotily vášho impéria nie sú také veľké alebo také silné ako súper , zvýšenie obrany základne vám môže poskytnúť výhodu na domácej pôde. Hviezdne základne s obrannými modulmi, budovami a obrannými platformami môžu byť ťažko poraziteľné, najmä ak sú podporované flotilou v systéme. Miesto, kde sú umiestnené, môže byť tiež efektívnym spôsobom spomalenia, prekvapenia alebo dokonca zastavenia nepriateľa. Niektoré systémy môžu mať negatívny vplyv na lode, napríklad Pulsars deaktivujúci všetky štíty, čierne diery, ktoré sťažujú odpútanie alebo ústup lodí alebo neutrónové hviezdy spomaľujúce rýchlosť podnájmu o 50%. Ak existuje hviezdny systém v hmlovine hmloviny, celé pokrytie senzorom zvonku je blokované, čo znamená, že ríša bez prítomnosti lode alebo stanice nevidí, čo je vo vnútri a za hyperlanami hmloviny.
Zatiaľ čo vesmírny boj je ústredný Stellaris , pozemná vojna je dôležitá iným spôsobom. Na zajatie nepriateľských planét budú potrebné armády spolu s prípravou a informovanosťou o bojiskách na ich správne použitie. Na planéty však možno napadnúť až potom, čo bude zajatá alebo zničená základňa systému. Niektoré budovy automaticky verbujú obranné armády, ale útočné armády je potrebné ručne naverbovať a presunúť na transportné lode. Majte na pamäti, že tieto transporty sa nemôžu nijako brániť a ak na nich narazí nepriateľská flotila, mohli by byť všetky zničené. Najlepšie je nechať ich sprevádzať riadnym vozovým parkom a do nepriateľského systému vstúpiť až po uvoľnení cesty.
Akonáhle je nariadené dopravnej flotile pristáť na planéte, začne sa planetárna invázia. Pozemný boj sa odohráva medzi obrannými armádami majiteľa planéty a útočnými armádami útočníka. Počet armád, ktoré môžu byť zapojené do boja na oboch stranách, je päť plus pätina veľkosti planéty. Armády nezapojené do boja budú umiestnené za sebou za bojujúcimi armádami a nahradia zabitú armádu. Útočník sa môže vždy pokúsiť o ústup, existuje však šanca, že každá ustupujúca armáda bude pri pokuse o návrat do vesmíru zničená. Ak je planéta príliš dobre bránená na inváziu, je možné nariadiť flotile, aby vstúpila na obežnú dráhu planéty a vykonala orbitálne bombardovanie, aby zmäkčila cieľ. Účinnosť bombardovania určuje veľkosť flotily.
Postupom času vás aj protivníka bude vojna unavovať čoraz viac. War Exhaustion meria celkové vyčerpanie a vyčerpanie všetkých ríš na jednej alebo druhej strane od 0% do 100%. Vyčerpanie sa prirodzene hromadí v priebehu času a označuje sa ako vyčerpanie, ale dá sa tiež zvýšiť utrpením strát a porážkami vo vojne. Patria sem porážky vo vesmírnych a pozemných bitkách, okupované územie a planéty a priame zničenie celých svetov.
