Nájdenie a vypočutie jedného zo spolusprisahancov Sarena a jeho plánu na návrat Reaperov do Galaxie, matriarchu Beneziu, bude mať obrovské dôsledky pre udalosti nasledujúcich dvoch hier. Začnete tým, že budete čeliť nepriateľovi, ktorý bol dlho eliminovaný z galaxie: Rachni. Benezia tiež náhodou je Liara T’Soni matke, takže jej privádzanie môže viesť k niektorým zaujímavým možnostiam dialógu a interakciám.
optad_b
Akonáhle získa Shepard svoj Spectre status a velenie nad Normandia , sa dozvie o znepokojujúcich správach o Gethovi o Novérii. Na palube Normandie sa pomocou mapy galaxií vyberte na zhluku hmlovín Horsehead na mape galaxie a potom choďte do hviezdneho systému Pax. Noveria je zamrznutý svet, domovom rôznych tajných laboratórií a testovacích miest na nebezpečné a / alebo kontroverzné experimenty. Planéta leží mimo vesmír Citadely a nepodlieha dohľadu. Našťastie vďaka statusu Shepardovho Spectra je z toho vyňatý a Normandia bude schválená na pristátie v Port Hanshan.
Misia: Port Hanshan

Keď váš tím prejde bezpečnostným kontrolným bodom, môžete sa porozprávať s Giannou Parasiniovou, ktorá vás bude informovať, že nedávno prišiel matriarcha Benezia a je v zariadení Peak 15. Ak chcete pokračovať v misii, najskôr budete potrebovať garážový lístok na opustenie objektu. Pass môžete získať najrýchlejšie vystavením aktivít pašeráka Hanar, alebo si môžete urobiť vedľajšiu úlohu od Parasiniho, ktorá bude zahŕňať zložité voľby dialógu, ako aj boj, ale môže vám priniesť lepšie odmeny.
Pri vstupe do garáže je obsadené dvoma ničiteľmi Geth Destroyers, duchmi, stalkermi, raketovým vojakom a šokovým vojakom. Spočiatku vás nezistia, vďaka čomu budete môcť umiestniť svoj tím za kryty v okolí a prepadnúť ich. Ak si chcete boj trochu uľahčiť, môžete odomknúť neďaleké vozidlo M29 Grizzly vľavo a použiť jeho vežu, hoci vám bude chýbať XP, keď si ich sami vyrazíte. Keď je postarané o všetkých nepriateľov, môžete vziať Mako na konci garáže a presunúť sa do ďalšej časti misie. Existuje niekoľko voliteľných vedľajších úloh, ktoré môžete splniť pred odchodom z Port Hanshan, takže vopred urobte všetko, čo chcete.
Misia: Alutsk Valley

Po odchode z Mako sa vydajte po ceste po útese, ktorá vás nakoniec dovedie do Garáže Peak 15. Môžete opustiť vozidlo a zhromaždiť korisť z niekoľkých opustených transportérov Grizzly pozdĺž cesty. Budete prechádzať nebezpečenstvom studenej úrovne jedna, takže váš tím bude musieť obmedziť svoju expozíciu mimo vozidla. Pokračujte po ceste a dostanete sa k prvému tunelu. Gethi majú vežu, ktorá je vystužená Shock Troopers, Rocket Troopers a pravidelnými Troopers. Asi v polovici tunela sú štyria raketoví vojaci Geth. Všetci zvyčajne strieľajú súčasne, takže sa ich strelám dá ľahko vyhnúť. Po výstupe z tunela bude hrať cutscéna, ktorá ukazuje Gethovu armatúru a niekoľko raketových vojakov blokujúcich vašu cestu. Po niekoľkých ďalších nepriateľoch, vrátane troch vežičiek, vstúpte do Peak 15 Garage.
Misia: Vrchol 15

Keď sa budete predierať garážou, v ďalšej miestnosti budete čeliť Geth Juggernautovi, Destroyeru, Shock Trooperovi a opravárenskému dronu. Odporúča sa najskôr odstrániť dron, aby ste mohli ľahšie zničiť zvyšok Getu. Gethovi budú pomáhať aj traja Krogani, dvaja sú na zemi vzadu a na móle vľavo hore. Na konci tunela potom narazíte na výťah, nezabudnite však ukoristiť neďalekú bezpečnostnú kanceláriu o aktualizačnú súpravu. Výťahom sa dostanete na vrchol, kde budete musieť v kaviarni čeliť niekoľkým jednotkám Geth Shock Troopers. Po ich vybratí budete pravdepodobne chcieť preradiť kvôli toxickému poškodeniu a proti organickej munícii, pretože budete čoskoro stáť proti Rachni. Rachni, druh živočíšneho druhu, sú smrteľným nepriateľom. Drony robotníkov sa rútia k vám a explodujú pri samovražedných útokoch a vojaci používajú pľuvajúce útoky kyselinami, ktoré môžu obísť vaše štíty. Našťastie sú Rachni mimoriadne zraniteľní voči biotickým útokom, takže si so sebou vezmite aspoň jedného spoločníka s takouto špecializáciou.
Po prebojovaní okolo Rachni k ďalšiemu výťahu prídete k VI jadru zariadenia. Dorazí ďalší dav robotníkov z Rachni, ktorý musíte vytiahnuť, než sa k vám dostanú. Hlavným dôvodom výpadkov elektrickej energie je to, že VI je offline, ale dá sa opraviť vykonaním úloh opätovného pripojenia pevných liniek a opravy reaktora. Zakaždým, keď niečo opravíte, z roštu naľavo a na vzdialenejšej strane miestnosti sa objaví Rachni vojak. Po dokončení obidvoch úloh môžete pokračovať v misii a požiadať o ďalšie informácie rozhovor s VI Mira. Ďalšou časťou je tunel, ktorý je utesnený a vyplnený Rachni. Máte možnosť opraviť prieduchy plazmy, ktoré ich všetky zabijú, nechať Mira, aby vám otvorila dvere, aby ste s nimi mohli priamo bojovať, alebo sami tieto dvere obísť a bojovať proti nim. Po otvorení ďalších dverí sa objavia štyria pracovníci Rachni, aby ste ich zabili skôr, ako sa priblížia. Teraz môžete oblasť opustiť pomocou električky.
Mission: Rift Station

Električka dorazí na stanicu Rift pôvodne bez nepriateľov, aby ste mohli bojovať. Za rohom a hore sa výťahom dostanete na vedeckú stanicu, kde narazíte na kapitána Ventralisa a niekoľko preživších strážcov. Po rozhovore s ním o situácii vám dá kľúčovú kartu do oblasti Hotlabs, oblasti za výťahom za vami. Zrazu zaútočí viac Rachni, čo je možné s pomocou Ventralisu odstrániť. Odtiaľto si hráči môžu zvoliť, či budú nasledovať rady Ventralisu, prejdú Hotlabs alebo preskúmajú hlavnú úroveň za ním, kde narazíš na preživší personál. Ak pôjdete cez Hotlabs pred dosiahnutím Secure Labs, kde sa nachádza Benezia, vyšlo najavo, že Ventralis pracuje pre Beneziu a poslal vás tam, aby ste zomreli z rúk Rachni. Vypukne boj, ktorý sa dá ľahko ukončiť zbraňami a schopnosťami ovládajúcimi dav.
Misia: Matriarcha

V laboratóriu nájdete Beneziu stojacu na hornej plošine a pozorujúcu Rachniho kráľovnú, na ktorej sa experimentuje, čo vysvetľuje, odkiaľ pochádzajú všetci ostatní Rachniho nepriatelia. Shepard sa s ňou môže porozprávať a získať odpovede na niekoľko otázok vrátane jedinečného dialógu, ak ste so sebou priviedli Liaru. Bez ohľadu na rozhovor použije Benezia svoju biotiku na to, aby celý oddiel uviazla v pokoji, a potom privolá svojich prisluhovačov. Až sa nakoniec dostanete zadarmo, nájdite krytie a pripravte sa na jednu z najťažších bitiek v hre.
Tento boj sa skladá z troch vĺn, pričom matriarcha použila zo svojej statickej polohy biotickú a pištoľovú strelu, zatiaľ čo jej prisluhovači vás zasiahli v miestnosti s mólom. Benezia je v tejto chvíli nezraniteľná, takže aby ste ju oslabili, musíte poraziť všetky tri vlny. Prvá vlna pozostáva z dvoch komand Asari, ktorí sa vás pokúsia vrhnúť čelne. Nedovoľte im, aby uvoľnili svoje biotické látky; deaktivujte ich skôr, ako dostanú príležitosť zaútočiť. Druhú vlnu tvoria dva páry Asari Commando a Geth Snipers. Využite terén miestnosti vo svoj prospech a pokračujte v pohybe. Sniperova radarová rušička môže byť problémom, takže zvážte vybavenie svojej najlepšej vylepšenia detekcie zbraňami, aby ste jej čelili. Tretia vlna pozostáva z ôsmich Geth Snipers rozdelených do dvoch skupín. Benezia v tomto okamihu viditeľne slabne. Ak sa pohybujete rýchlo, často môžete chytiť štvorčlennú skupinu so zvláštnosťou alebo výťahom.
Akonáhle bude táto posledná vlna porazená, začne sa ďalší rozhovor s Beneziou, ktorá bude schopná bojovať s Reaperovou indoktrináciou dosť dlho na to, aby Shepardovi povedala o Rachni, Saren, Panovníkovi a ich pláne. Spomenie tiež, že jej úlohou bolo nájsť relé Mu Mu, ktoré poskytuje ďalšiu stopu pre hlavný príbeh. Nakoniec ju indoktrinácia opäť premôže a budete nútení bojovať proti nej a ďalším trom komando Asari. Akonáhle je porazená, zostane vám rozhodnutie buď prepustiť kráľovnú Rachni zo zajatia, alebo ju zabiť. Pri tejto príležitosti vyhľadajte na mape prípadný lup, ktorý by vám mohol uniknúť, skôr ako použijete električku na odchod a dokončíte misiu. Po návrate do Normandie sa Shepard môže stretnúť s tímom v miestnosti pre briefing, aby prediskutovali, čo sa stalo na planéte, a ich ďalší krok. Pri tejto príležitosti môžete získať niekoľko morálnych bodov, ako aj kontaktovať spoločnosť Citadel Council s aktualizáciou.