Pôvodné Mass Effect zanechalo veľa ťahavých vlákien, sľubujúcich návrat ikonického protagonistu hry, veliteľa Sheparda a možné odhalenie ešte väčšej hrozby Reapera, ako by ktokoľvek čakal. Keď sa začala druhá hra, fanúšikovia boli pripravení znovu prevziať velenie nad Normandiou SR-1 a sprevádzať svoju milovanú posádku ďalším galaktickým dobrodružstvom.
Úvodná sekvencia hry však všetkých zaskočila, keď veliteľ a posádka čelili neočakávanému útoku zahájenému záhadnou rasou s názvom Collectors. Posádka ledva unikla živá, ale veliteľ Shepard nemal také šťastie a Normandia bola úplnou stratou. Ako by hra mohla pokračovať bez Sheparda? Zdá sa, že Illusive Man mal rovnaké obavy a s nekonečnými prostriedkami na dosah ruky urobil jedinú rozumnú vec a spustil projekt Lazarus.
Misia: Save Joker
Pred vstupom do normandskej posádky začína hra prestrihom, v ktorom sa Miranda Lawson rozpráva s Illusive Man. Shepard má problémy a obaja sa zhodujú, že udržanie Sheparda nažive je v záujme galaxie nevyhnutné. Scéna sa posúva do Normandie, kde Shepard a posádka prečesávajú okraje galaxie a hľadajú akékoľvek zvyšné Gethove hrozby, keď dôjde na nebezpečenstvo. Je to len pár sekúnd, kým bude jasné, že Normandia klesá a jedinou možnosťou je evakuácia všetkých z lode.
Liara musí byť poučená, aby začala postup evakuácie a prestala sa báť o Sheparda. Potom sa vydajte cez chaos a mŕtve telá smerom k riadiacej palube vyššie, kde Joker robí všetko pre to, aby udržal kontrolu nad loďou. Presvedčiť Jokera o odchode z Normandie nie je ľahká úloha, ale musí sa to urobiť. Pozri Jokera k únikovému prielezu; pri záchrane Jokera však veliteľ Shepard obetuje svoj vlastný život, keď loď exploduje a pošle ich letieť do vesmíru.
Misia: Vzkriesenie a prebudenie
Táto hra odrezáva od výbuchu a zobrazuje sériu zvláštnych digitálnych scén skôr, ako sa Shepard prebudí a rozmazane. Ľudia, ktorí nad nimi stoja, ich okamžite položili späť, pretože ešte nie sú úplne pripravení na prebudenie. Keď ste späť v anestézii, je čas buď importovať Sheparda použitého v prvej hre, alebo vytvoriť nový vlastný Shepard vrátane jeho vzhľadu, pozadia, histórie a triedy.
O niečo neskôr, aj keď nie sú jasné podrobnosti, je loď napadnutá Shepardovým telom. Hráč sa prebudí a začuje tajomnú ženu, ktorá im hovorí, aby zobrali pištoľ a dali sa do pohybu. Vstávaj z postele, choď na druhú stranu miestnosti a vybav pištoľ nájdenú v skrinke. Pokračujte smerom k dverám, zakryte ich, keď vás k tomu vyzve hlas na komunikácii, potom zdvihnite muníciu a choďte do ďalšej miestnosti, kde čaká mech. Preskočte zábradlie a zakryte sa. Potom streľbu mechajte, kým nespadne. Choďte po schodoch hore a pozbierajte spadnutú muníciu. Potom choďte k východu, ktorým prešiel mech.
V tejto miestnosti je niekoľko mechanizmov, ktoré je možné vytiahnuť pri postupe a zbieraní nábojov. Prejdite do ďalšej miestnosti a vyzdvihnite granátomet, ktorý použijete proti skupine mechov, ktorí sa hrnú cez dvere. Zamierte k neďalekému výťahu a vyvezte sa ním na nižšiu úroveň, kde séria požiarov vyvoláva niekoľko pokynov, ako sa pohybovať v okolí bez poškodenia. Len čo prejdete ohňom, choďte k dverám a do kancelárie a nájdite hackovateľný trezor obsahujúci kredity a niekoľko interaktívnych počítačových terminálov, ktoré poskytujú informácie o projekte Lazarus.
Vráťte sa z miestnosti a choďte do ďalšej oblasti a cez dvere, kde z druhej strany strieľajú machi. Tam stretnete biotika Jacoba Taylora, ktorý môže hráčovi povedať niečo o tom, čo sa deje, akonáhle budú mechy vyčistené. Ak Shepard požaduje odpovede, objaví sa tu prvá príležitosť v hre získať nejaké body Renegade. Keď dostali príležitosť, hovorte s Jacobom. Výber možnosti položiť „Len pár otázok“ dá Shepardovi +2 body Paragon alebo +2 odpadlíkovi za to, že povedal: „Končím s objednávkami.“ Spýtajte sa na podrobnosti o smrti Projekta Lazara a Sheparda a potom pokračujte spoločne k únikovým uzáverom.
Počas sťahovania bude Jacob udržiavať kontakt s mužom menom Wilson podľa jeho pokynov, kde ho nájsť a pomôcť mu. Prebojujte sa mechami, až kým sa nedostanete na miesto Wilsona. Shepard pozná Wilsona, ale len sotva. Liečte si jeho zranenia pomocou gélu z lekárskej stanice na stene a potom vyberte Wilsona, ktorý dobíja izbu potom, čo bol Wilson na nohách. Len čo sú nepriatelia zbavení moci, existuje príležitosť +2 Paragon, keď Shepard ponúkne, že pomôže Wilsonovi dostať sa do bezpečia, ale keď hovoria o Mirande, Wilson tvrdí, že práve ona rozpútala na lodi chaos. Shepard cíti, že v tomto nie je niečo v poriadku, a to buď získaním +2 Paragonu za to, že trval na tom, že sa im snaží pomôcť, alebo +2 Odpadlíka za povedanie: „Možno, možno nie.“
V tomto rozhovore Jacob odhalí viac informácií o projekte Lazarus a Iluzívnom mužovi, ktorý ich financoval. Shepard sa dozvie, že Ilusívny muž stojí na čele neslávne známej skupiny Cerberu, ktorá im v prvej hre spôsobila toľko problémov. Tu je ďalšia príležitosť pre body Paragon / Renegade, keď si všimnete, že Cerberus znie povedome alebo že obviňuje Jakuba z klamstva. Viac bodov Paragon / Renegade je možné získať povedaním: „Nikdy nebudem pracovať pre Cerberus“ (Paragon) alebo „What are you after“ (Renegade). Ak sa Shepard namiesto toho spýtal na Iluzívneho človeka a odpovedal „Mal by mať lepšie odpovede“, získajú +2 Renegátové body.
Pred odchodom z miestnosti hacknite na stene trezor, aby ste získali kredity, a potom pokračujte smerom k hangáru. Prebojujte sa vlnami machov, ktoré prichádzajú, a potom zamierte do miestnosti, z ktorej odchádzali, aby našli terminál so zvukom od Mirandy a datapad na podlahe s ďalšími kreditmi. Vráťte sa späť a na druhú stranu hangáru, kde sa Miranda konečne objaví. Zastrelí Wilsona a odhalí, že bol zradcom. V tom okamihu môže Shepard získať +2 Renegáta za to, že povedal: „Vedel som, že klame.“ Sondujte Mirandu, aby získala toľko informácií, koľko dá, predtým, ako vstúpite do únikového modulu a vyrazíte na loď Iluzívneho človeka.
Misia: Stretnutie s iluzívnym mužom
V únikovom plavidle na ceste za stretnutím s Iluzívnym mužom urobí Miranda previerku, aby otestovala Shepardovu pamäť. Odpovede na tieto otázky budú založené na voľbách tvorby postáv a na tom, ako Shepard zvládol udalosti v prvej hre. Odpovedzte zodpovedajúcim spôsobom s vedomím, že čím pozitívnejšie odpovede zarobia +2 Paragon, zatiaľ čo tvrdšie odpovede nazbierajú +2 body Renegade.
Po príchode na loď sa Miranda a Jacob neotvoria Shepardovi, kým sa nerozprávajú s Iluzívnym mužom. Samotná loď nemá až na zbrojnú skrinku, ktorá ešte nie je dôležitá, veľa preskúmať. Vstúpte do komunikačnej miestnosti, kde sa Shepard stretáva s hologramom ich záhadného dobrodinca. Prostredníctvom tohto dialógu iluzívny človek odhaľuje, že chce to, čo je najlepšie pre prežitie ľudstva. Napriek Shepardovej neochote z celého srdca verí, že Shepard je jediný, komu sa podarí túto prácu dokončiť. V rámci tohto dialógu existuje niekoľko príležitostí pre body Paragon / Renegade, s menej agresívnymi možnosťami, ako napríklad „nepoznáš ma“ a „nie si môj priateľ“, udeľovanie bodov Paragon a naopak.
Prejde tým, čo sa o Freedom's Progress dozvedel, a pridelí Shepardovi ich prvú misiu. Potom môžu vyraziť späť a porozprávať sa s Mirandou a Jacobom, aby získali ďalšie informácie o práci a ich pozíciách v Cerberus a Illusive Man. Tieto rozhovory ponúkajú viac príležitostí pre body Paragon / Renegade, ktoré sa stávajú nevyhnutnými pri formovaní Shepardovej osobnosti po zvyšok hry. Po vyčerpaní všetkých dialógov s Mirandou a Jacobom choďte k dverám na druhom konci miestnosti, otvorte ich, ukončite prológ a vydajte sa na prvú misiu hry.
